Linux круче чем Windows?
Да.
Если серьёзно, то в чём именно он работает лучше?
На мой взгляд Tor пошустрее работает в Linux, нежели в Windows.
Страницы загружаются быстрее? Скорость загрузки сильно зависит от выбранной на данный момент цепочки. Возможно, на Linux попалась более быстрая цепочка, нежели на Windows. Может быть и наоборот.
В остальном сомневаюсь, что есть какие-то значительные отличия. Если у обычного Firefox не замечаешь отличий между Windows и Linux, то, скорее всего, их и не должно быть у Tor Browser.